No que toca ao topónimo de Odiáxere são várias as hipóteses interpretativas entre os teóricos. Ao longo da História, o topónimo foi sofrendo algumas modificações. A designação mais remota parece ser Odiáxere, que coexiste umas vezes com a designação de Diáxere e já no século XVII-XVIII com a designação de Nossa Senhora da Conceição de Odiáxere. Segundo alguns linguistas, a forma correcta deve ser Odiáxere, designação que mantém actualmente.
A origem do topónimo revela a presença árabe na Península Ibérica e uma referência à água, pois “odi” significa rio.
Na opinião de Estácio Veiga ( Séc. XIX), Odiáxere possui elementos arqueológicos datados de vários milénios, como o confirmam alguns achados. Com base no estudo monográfico da localidade, José António de Jesus Martins afirma, “ Temos conhecimento de muitos vestígios de várias antiguidades de Odiáxere, situadas na proximidade das margens da sua ribeira. Ali apareceram muitos instrumentos lícitos e diversas sepulturas. Em finais do século XIX, no lugar do Chocalho encontraram-se sepulturas quase quadrangulares constituídas por lajes em forma de caixa sem alinhamento. Encontraram-se também pedaços de ossos e uma tigela de barro grosseiro. Numa palavra, podemos dizer que se encontraram achados neolíticos isolados. Da idade do Bronze foram encontradas sepulturas isoladas com inumação. Através da documentação consultada encontramos referências ao aparecimento de celeiros subterrâneos denominados “Tulhas”, silos ou matmores. (...) A partir do momento em que a localidade cresce, aparecem estruturas tipicamente rurais cujos vestígios não são passíveis de assinalar no momento presente. No nível da estrutura central da localidade encontramos um templo de características tipicamente muçulmanas que mais tarde se converteria num templo cristão. As suas origens não são especificamente datáveis, mas a estrutura observada não nos deixa quaisquer dúvidas da sua origem árabe. Após a reconquista cristã o templo árabe é reconvertido ao domínio cristão, à dimensão político-social da ordem do catolicismo imperante no Portugal de Trezentos. Será este templo cristão que possuirá, no século XVI, um dos mais belos Arcos jamais existentes no Algarve e em todo o país.”